La obligación del Gobierno Federal de sostener el culto católico, estaba unida también a un “derecho” (propio de la época hispana) que la Constitución reconoció al Estado (pero que la Iglesia no le había otorgado): el ejercicio del Patronato. De acuerdo con dicho derecho de patronato, en varios asuntos propios de la Iglesia (creación de diócesis, nombramiento de obispos, etc), el Estado tenía particular e importante ingerencia.

En esa mentalidad, los obispos y los sacerdotes diocesanos eran considerados empleados públicos, y de hecho ejercían algunas funciones de ese tipo (como el registro civil). Era natural entonces que recibieran un sueldo del Estado. Sin embargo, esos “sueldos” no eran para todos, sino para unos pocos: los obispos, los canónigos, los funcionarios de la curia. No lo recibían ni el resto de los sacerdotes seculares, ni los religiosos y religiosas (a quienes también se habían confiscado importantes bienes).

El sistema de patronato fue cayendo progresivamente durante la época nacional, hasta que fue suprimido mediante el Acuerdo firmado entre la Argentina y la Santa Sede en 1966 (después del Concilio Vaticano II). La relación de autonomía y mutua colaboración, establecida entonces entre la Iglesia y el Estado, obligó a pensar en nuevas formas de interpretar y aplicar la obligación de "sostener el culto". 

Por eso los obispos y empleados de la Curia dejaron de ser considerados empleados públicos y, en cambio, se establecieron asignaciones (no remunerativas) para los obispos (ley 21.950), que ellos destinan según consideren necesario. Otra asignación se entrega para los seminarios, tanto diocesanos como de algunas pocas órdenes religiosas, como contribución para la formación del clero (ley 22.950). También, por la tarea de promoción social que realizan, se otorga un subsidio a algunas parroquias de frontera o de zonas necesitadas (ley 22.162). 

Todas esas asignaciones actualmente son pagadas en forma global por el Estado a la Conferencia Episcopal, que las distribuye a sus destinatarios.